Windows でのファイル・フォルダ比較は WinMerge がおすすめ

単純にファイルの行を比較するだけでなく、行内の文字についても比較してくれる。フォルダ同士の比較も可能で、ファイル名によってフィルタリングできる。動作も軽快だ。
フォルダ同士の比較では Alt + カーソルキー上下で差異へ移動し、Enter キーでファイル同士の比較画面を開いて内容を確認できる。Ctrl + W でファイル比較画面を閉じ、Alt + カーソルキー左右で選択したファイルのコピーができる。この操作方法は使いやすくて便利だ。
また、比較対象や条件をプロジェクトファイルとして保存できるので、また同じ条件で比較するだろうなと思ったときに気軽に保存しておくことができる。プロジェクトファイルは関連付けされていて、エクスプローラーから一発で開ける。


2014-02-26 追記。Alt + カーソルキー左右でコピーする機能はファイル同士でも使える。差異のあるブロックをまるっとコピーしてくれる。便利!